第三十一条　违反本条例，法律、法规已有处罚规定的，从其规定。
第三十二条　违反本条例第十四条第一款规定，畜禽养殖专业户未建设相应的污染防治配套设施，也未委托专业机构对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理，或者建设的污染防治配套设施未正常运行的，由生态环境主管部门责令限期改正；逾期未改正的，处二千元以上一万元以下罚款；情节严重的，处一万元以上二万元以下罚款。
    违反本条例第十四条第二款规定，畜禽养殖专业户未及时收集、贮存、清运畜禽养殖废弃物，导致畜禽养殖废弃物渗出、泄漏的，由生态环境主管部门责令限期改正；逾期未改正的，处五百元以上五千元以下罚款；情节严重的，处五千元以上一万元以下罚款。排放畜禽养殖废弃物不符合有关排放标准的，由生态环境主管部门依法予以处理。
    违反本条例第十四条第三款规定，畜禽养殖专业户未建立畜禽养殖记录的，或者记载内容不完整、不真实的，由农业农村主管部门责令限期改正；逾期未改正的，处五百元以下罚款。
第三十三条　违反本条例第十五条规定，畜禽养殖散户未建设与饲养规模相适应的畜禽粪污收集、贮存等设施，也未采取畜禽粪污就地就近消纳或者交由专业机构代为处理等资源化利用措施的，由生态环境主管部门责令限期改正；逾期未改正的，处五百元以上二千元以下罚款；情节严重的，处二千元以上五千元以下罚款。
第三十四条　违反本条例第十六条规定，对染疫畜禽以及染疫畜禽排泄物、染疫畜禽产品未按照规定处置的，由农业农村主管部门责令限期处理；逾期未处理的，由农业农村主管部门委托有关单位代为处理，所需费用由违法行为人承担，处五千元以上五万元以下罚款。对病死或者死因不明的畜禽尸体未按照规定处置的，由农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，处三万元以上十万元以下罚款。
第三十五条　违反本条例第二十条规定，擅自倾倒、堆放、丢弃、遗撒、填埋食用菌生产废弃物的，由生态环境主管部门责令限期改正；逾期未改正的，处一千元以上五千元以下罚款。
第三十六条　农业面源污染防治有关部门及其工作人员，在农业面源污染防治工作中滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。